我校在植物三维基因组学研讨技术取得新进展

核心提醒: 11月14日,我校作物遗传改进国度重点试验室李兴旺教授和李国亮教授课题组受邀在Trends in Plant Science在线发表了题为“Technologies for Capturing 3D Genome Architecture in Plants”的综述文章。


南湖消息网讯(通信员 欧阳维枝)11月14日,我校作物遗传改进国度重点试验室李兴旺教授和李国亮教授课题组在Trends in Plant Science在线发表了题为 Technologies for Capturing 3D Genome Architecture in Plants 的综述文章。

三维基因组学是基因组学研讨的热门前沿领域之一。目前,以人类细胞系和动物细胞为研讨对象,生物学家已经开发了很多高通量的三维基因组学研讨技术。其中一些技术系统已经胜利利用于植物三维基因组学研讨。

植物三维基因组学研讨技术

李兴旺教授和李国亮教授课题组致力于三维基因组学和表观基因组学研讨。前期,课题组与合作者以人类细胞系和动物细胞为研讨资料,先后开发了Long-read ChIA-PET和Digestion-Ligation-Only Hi-C (DLO Hi-C)。2019年,课题组首次在玉米和水稻中树立Long-read ChIA-PET技术系统,并刻画了玉米和水稻的三维基因组图谱。2020年,李兴旺教授和李国亮教授课题组与杨芳教授课题组合作,用DLO Hi-C技术刻画了玉米雌雄穗的三维基因组图谱。

鉴于课题组在植物三维基因组学领域的取得的系列研讨进展,Trends in Plant Science杂志邀请课题组撰写Technology of the Month的综述文章,介绍植物三维基因组学的研讨技术。综述文章介绍了3C,Hi-C,in situ Hi-C,DLO Hi-C,ChIA-PET和HiChIP等利用于植物三维基因组学研讨的技术,并论述了如何利用这些技术解析的植物基因组的三维构造,特殊关注了ChIA-PET和Hi-ChIP检测的染色质环(chromatin loop)构造。文章还提出目前植物三维基因组学研讨技术的优势以及面临的挑衅,对未来植物三维基因组学技术的开发以及三维基因组构造的解析具有启发意义。

我校性命科学技术学院博士研讨生欧阳维枝和肖琴为综述文章共同第一作者,李兴旺教授和李国亮教授为综述文章共同通信作者。相干工作得到国度重点研发规划、国度自然科学基金和作物遗传改进国度重点试验室开放课题的资助。

审核人:李兴旺

论文链接:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1360138520303319?dgcid=author